El origen de la carrera y de su nombre se halla en una famosa batalla de las primeras guerras médicas. Los persas desembarcaron en una llanura cercana a Maratón a unos 40 kms. de Atenas. Y los atenienses al mando de Milcíades consiguieron la victoria, que, según la leyenda, un soldado, Filípides, fue corriendo a la ciudad de Atenas a proclamarla. El soldado solo llegó a decir "nenikamen" (hemos vencido) pues del agotamiento murió en el acto.
En los primeros juegos Olímpicos modernos se incluyó una carrera de fondo entre Maratón y Atenas en recuerdo del legendario Filípides.